6月30日下午，燕京啤酒2020中國足協杯第二階段抽簽儀式在蘇州舉行。本階段共有8支中甲球隊參賽，并與首輪晉級的8支中超球隊抽簽。作為嘉賓，李鐵和李冰分組為16支隊伍抽簽。

根據抽簽規則，2020年足協杯第二階段的8支中超球隊分為4支種子隊和4支非種子隊。種子隊分為兩個級別，第子隊為2019年足協杯冠軍（或亞軍）和超級冠軍，2019年的二、三種子隊為二種子隊。足協杯衛冕冠軍上海綠地申花未能晉級第二輪，取而代之的是山東魯能泰山隊。

種子隊一：山東魯能泰山、廣州恒大淘寶2號種子隊：北京中赫國安、上海上鋼中超非種子隊：江蘇蘇寧易才、廣州R&；F、 參加國際足聯杯第二階段比賽的中國甲8支球隊分別是成都興城人居、梅州客家、長春亞泰、臺州遠大、浙江能源綠城、昆山足球俱樂部6支參加第二階段中甲聯賽（崇超集團）的球隊，中國甲級聯賽第二階段梅州賽區第一階段確定的兩支隊伍和常州賽區確定的第一支隊伍。

燕京啤酒2020中國足協杯第二階段比賽安排如下：燕京啤酒2020中國足協杯第二階段比賽定于11月26日開始，比賽制度和藍綠區域仍將實行封閉式管理。第八場決賽將分為上、下兩區。上半場廣州恒大淘寶vs昆山FC，江蘇蘇寧易彩vs梅州客家，泰達vs天津梅州第一賽區，上海上鋼vs長春亞泰，將于11月26日、27日在蘇州賽區舉行。下半年，北京與國安對成都興城人居、武漢中鋁對臺州是大城市、廣州富力對常州第一賽區、富力對山東魯能泰山對浙江能源綠城將于2009年舉行。

從四分之一決賽開始，所有比賽將移至蘇州賽區。除中國足協杯半決賽外，其余賽季均為單淘汰賽，比賽定于12月19日舉行。